PHP是一种脚本语言，主要用于Web应用程序的开发，而MySQL是一种关系型数据库管理系统，用于存储和管理数据。在Web应用程序开发中，PHP和MySQL通常一起使用，这是因为PHP和MySQL之间有着天然的衔接和协作。
底层原理如下：
PHP是一种服务器端脚本语言，它运行在Web服务器上，能够动态生成HTML页面，并与MySQL数据库进行交互，从而生成动态网站内容。
MySQL是一种关系型数据库管理系统，它提供了数据存储和管理的功能，并提供了SQL语言作为数据库操作的标准语言。
PHP通过MySQL扩展库与MySQL进行交互，可以进行数据库连接、查询、插入、更新和删除等操作。
PHP和MySQL之间的交互是基于客户端/服务器端模型实现的。PHP作为客户端，通过MySQL协议向MySQL服务器发送SQL查询，MySQL服务器执行SQL查询后将结果返回给PHP客户端。
PHP和MySQL之间的交互可以通过MySQLi和PDO等扩展库来实现。MySQLi提供了面向对象和面向过程两种API，而PDO则是PHP数据对象，提供了一个统一的接口来访问多种不同类型的数据库。
综上所述，PHP和MySQL之间的协作是通过客户端/服务器端模型和MySQL扩展库实现的，这种协作方式使得PHP能够轻松访问和操作MySQL数据库，从而实现动态网站的开发。